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第1章 什么是生物信息学1

前言1

1.1 生物数据与生物计算2

1.2 生物信息学与生物实验4

1.3 期刊和会议5

1.4 生物信息学参考书6

第2章 计算机和互联网11

2.1 计算机和操作系统12

2.2 语言和软件14

2.3 互联网和浏览器19

2.3.1 TCP/IP和IP地址19

2.3.2 gopher服务器20

2.3.3 WWW和HTML20

2.3.4 浏览器和URL22

2.3.5 文件的下载和上载24

2.4 常见的文件类型25

2.3.6 网上“搜索器”25

2.5 文件的压缩和解压27

2.6 电子邮件28

2.7 远程计算机30

2.7.1 telnet--登录到远程计算机30

2.7.2 ftp--远程文件传送30

2.8 多种平台共存的工作环境32

第3章 生物学引论35

3.1 地球上的自然史35

3.2 生物的分类36

3.3 模式生物38

3.4 构成生物的四类分子40

3.4.1 单糖、双糖和多糖40

3.4.2 脂肪酸40

3.4.3 核苷酸和核酸41

3.4.4 氨基酸和蛋白质42

3.4.5 遗传密码44

3.5 分子生物学的中心法则45

3.5.1 DNA的复制46

3.5.2 DNA到mRNA的转录47

3.5.3 mRNA翻译为蛋白质48

3.5.4 mRNA的反转录与cDNA50

3.5.5 蛋白质的剪接50

3.5.6 蛋白质的折叠51

3.6 基因工程技术简介53

3.6.1 限制性内切酶53

3.6.2 分子克降54

3.6.3 聚合酶链反应(PCR)55

3.6.4 超速离心、凝胶电泳和印迹法56

3.6.5 DNA测序方法57

3.7 进一步阅读书籍59

4.1.1 国外生物信息中心61

第4章 生物信息数据库61

4.1 重要生物信息中心简介61

4.1.2 国内的生物信息网点69

4.2 数据库和序列的格式72

4.2.1 数据库格式72

4.2.2 序列文件格式76

4.2.3 多序列格式76

4.2.4 其他序列格式79

4.3 数据库检索工具79

4.3.1 Entrez检索工具79

4.3.2 SRS检索工具81

4.3.3 DBGET/LinkDB检索工具81

4.4 数据库目录82

4.5 综合数据库84

4.6 DNA序列和结构数据库86

4.7 RNA序列和核糖体数据库94

4.8 基因图谱数据库101

4.9 人类基因组有关数据库103

4.9.1 人类基因组测序中心103

4.9.2 人类基因组有关数据库108

4.10 其他物种基因组数据库114

4.10.1 原核生物基因组115

4.10.2 真菌基因组120

4.10.3 原生生物和线虫基因组121

4.10.4 昆虫基因组122

4.10.5 鱼类数据库123

4.10.6 啮齿动物基因组123

4.10.7 细胞器数据库124

4.10.8 拟南芥基因组126

4.10.9 病毒数据库127

4.11 蛋白质序列数据库127

4.12 蛋白质结构和分类数据库137

4.13 比较基因组学和蛋白质组学数据库150

4.14 基因表达数据库151

4.15 基因突变、病理和免疫数据库153

4.16 代谢途径和细胞调控数据库159

4.17 与农林牧有关数据库162

4.17.1 农作物163

4.17.2 家畜、家禽和鱼类167

4.18 生物医学文献数据库169

4.19 其他数据库170

第5章 服务、软件和算法171

5.1 软件和服务目录172

5.2 序列分析算法概要174

5.2.1 序列联配基本概念175

5.2.2 半经验的直观算法180

5.2.3 动态规划算法180

5.2.4 神经网络和隐马可夫链181

5.2.5 语言学方法183

5.3 BLAST、FASTA和类似服务184

5.3.1 BLAST服务185

5.3.2 FASTA服务192

5.3.3 与BLAST和FASTA有关的后处理程序197

5.3.4 BLITZ服务198

5.3.5 GenQuest服务199

5.4 多序列联配程序200

5.5 亲缘树的计算和图示202

5.5.1 距离和相异性204

5.5.2 亲缘树算法简介205

5.5.3 亲缘树计算软件206

5.6 与DNA测序和基因工程有关的软件208

5.7 DNA序列分析程序210

5.8 蛋白质结构和功能预测220

5.9 显示蛋白质和核酸结构的程序225

5.10 大规模基因表达的算法226

5.11 细胞过程模拟227

5.12 向数据库提交序列的软件和服务228

5.13 商业性生物信息资源229

5.13.1 商业性软件229

5.13.2 一些公司网页231

5.14 其他网上生物医学信息资源233

5.14.1 网上论坛：BIOSCI新闻组233

5.14.2 网上医学信息资源236

5.14.3 网上期刊和出版社237

5.14.4 会议消息和会议文集238

5.14.5 讲义和课程240

5.14.6 一些有益的个人网页241

5.14.7 法律、伦理和社会影响242

5.15 生物信息资源的近期发展动向242

索引247