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第1章 什么是化学基因组学？1

第2章 芯片上的化学基因组学4

引言4

将计算机技术应用到化学基因组学4

蛋白质结构4

蛋白质的同源模建8

选择适当的小分子13

蛋白质功能的预测14

案例研究17

同源模型构建17

基于蛋白质序列的方法24

基于蛋白质结构的方法27

参考文献29

第3章 化学基因组学过程的优化35

引言35

化学基因组学的化合物库36

化学基因组学化合物库的设计36

化合物质量38

数据分析及整合42

筛选进展：化学基因组学途径44

靶点的产生44

分析平台44

离子通道筛选的化学基因组学方法47

确立设计一个持久有效的分析过程49

重要的动力学因素50

分析过程的稳定性以及验证50

小结51

HTS技术及过程51

选择HTS平台52

该途径的量度（n个靶点×y个化合物）52

假阳性和假阴性可接受的比率53

合适的精密度和准确性53

来自不同筛选阶段的数据信息55

HTS平台与化合物处理的整合56

结论56

致谢57

参考文献57

第4章 化学基因组学中基于微芯片技术的高通量筛选60

引言60

微阵列61

转录组学（transcriptomics）：DNA阵列61

化学基因组学：小分子阵列64

蛋白质组学：大分子阵列67

基于细胞的阵列：细胞组学方法69

微流体71

小结与展望75

致谢75

参考文献75

第5章 小分子在化学基因组学中的应用：有前景的高通量方法81

引言81

小分子在化学基因组学／蛋白质组学中：单一化合物方法与文库方法84

单个化合物作为探询配体85

化合物库87

库的设计与选择101

化学基因组学中小分子探针的设计101

基于组合片段的设计101

动态配体自组装103

用于产生选择性GPCR配体的多结合位点方法103

用于设计筛选片段的Graffinity方法103

基于片段的高通量结晶104

ADME倾向性的设计：透膜小分子库104

复用与高通量技术105

高通量基于细胞的检测（细胞阵列）105

反向双杂交体系105

平行亲和柱分离106

平行凝胶排阻色谱法（parallel size-exclusion chromatography）：复杂混合物中快速亲和选择106

化学微阵列106

组合tehtering用液相平行合成112

小结115

致谢115

参考文献115

第6章 用于快速蛋白质鉴定的多功能光探针120

引言120

主要光活性基团的化学性质121

提高光亲和标记通量的生物素化重氮甲烷123

在固态基质上的光亲和标记125

参考文献128

第7章 定义脂质组：一个新的治疗靶标131

引言131

治疗学中主要的脂质组学靶标135

磷酸肌醇135

神经鞘脂类140

溶血磷脂类142

脂质组分析的方法145

分析型脂质组学146

功能性脂质组学148

结语152

参考文献153

第8章 多巴胺能神经递质相关的基因多态性的药物毒理学表现166

多巴胺系统的概述166

多巴胺的合成、功能和代谢166

主要多巴胺能系统及与精神病理学的关联167

多巴胺系统的遗传药理学169

鉴定基因多态性的方法170

多巴胺受体170

多态的多巴胺D2受体基因172

多巴胺D2受体的遗传药理学173

多巴胺D3受体基因的多态性173

多巴胺D3受体基因的遗传药理学174

高多态的多巴胺D4受体基因175

多巴胺D4受体的遗传药理学177

多巴胺转运体177

多巴胺转运体及其变异体179

多巴胺转运体的遗传药理学180

参考文献180

第9章 用于药学产业中DNA专利申请评估的近似线性配对算法189

引言189

结果193

结论204

参考文献205