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第1章 工具酶1

1.1 限制性核酸内切酶1

第1篇 基因工程基本技术1

1.2 其他工具酶3

第2章 常用载体7

2.1 质粒载体7

2.2 噬菌体类载体9

2.3 酵母菌的克隆与表达载体10

2.4 细菌人工染色体（BAC）11

第3章 质粒的制备和鉴定13

3.1 概述13

3.2 试剂14

3.4 注意事项15

3.3 操作步骤15

第4章 PCR技术17

4.1 PCR原理17

4.2 PCR实验过程17

4.3 影响PCR效果的因素19

4.4 常用的PCR技术20

第5章 核酸探针制备23

5.1 放射性标记DNA探针与RNA探针的制备23

5.2 非放射性同位素标记探针26

第6章 核酸分子杂交技术29

6.1 核酸杂交的类型与选用29

6.2 核酸探针的种类29

6.3 Southern印迹杂交30

6.4 Northern印迹杂交33

6.5 Western印迹杂交34

6.6 斑点杂交37

6.7 菌落原位杂交37

6.8 组织原位杂交38

6.9 影响固相杂交效果的因素39

6.10 液相杂交的简介40

第7章 核酸序列分析42

7.1 Sanger双脱氧链终止法42

7.2 化学法44

7.3 DNA序列分析的自动化45

7.4 委托测序46

8.1 体内随机基因诱变50

第8章 基因突变50

8.2 体内特定基因突变54

8.3 体外基因定点突变58

参考文献60

第2篇 cDNA文库和基因组DNA文库的构建62

第9章 RNA的制备62

9.1 总RNA的提取制备62

9.2 mRNA的提取制备66

9.3 RNA操作的关键要点69

第10章 cDNA文库的构建70

10.1 原理及主要流程70

10.2 构建cDNA文库的一些方法71

第11章 海洋生物基因组DNA的制备88

11.1 方法一88

11.2 方法二89

第12章 真核生物基因组文库的构建91

12.1 试剂盒已含有的试剂91

12.2 自备的样品、试剂、耗材和设备92

12.3 操作步骤92

第13章 目的基因的筛选95

13.1 核酸探针筛选法95

13.2 免疫探针筛选法96

13.3 功能筛选法96

13.4 文库筛选基本操作步骤96

第3篇 基因表达技术100

第14章 原核生物表达系统100

14.1 外源基因在原核生物中表达的特点100

14.3 外源基因在原核细胞中表达的重要调控元件101

14.2 外源基因在原核细胞中表达的一般策略101

14.4 外源基因在原核细胞中的表达形式106

14.5 利用原核细胞表达外源基因的实验操作107

第15章 杆状病毒表达载体系统121

15.1 杆状病毒表达系统的特点121

15.2 构建重组杆状病毒的一般策略122

15.3 利用杆状病毒在昆虫细胞中表达外源基因的操作步骤128

第16章 外源基因在哺乳动物细胞中的表达136

16.1 哺乳动物细胞表达载体136

16.2 外源DNA导入哺乳动物细胞的方法140

16.3 外源基因在哺乳动物细胞中的瞬时表达145

16.4 外源基因在哺乳动物细胞系中的稳定表达146

16.5 病毒介导的基因表达148

17.1 酿酒酵母表达系统150

第17章 酵母表达系统150

17.2 巴斯德毕赤酵母表达系统153

参考文献168

第4篇 分子标记的种类及其实验方法170

第18章 分子标记的种类171

18.1 传统的Southern杂交为基础的分子标记171

18.2 PCR为基础的分子标记171

18.3 重复序列为基础的分子标记171

18.4 mRNA为基础的分子标记171

第19章 常用分子标记及其原理172

19.1 基于Southern印迹杂交技术的常用分子标记－RFLP172

19.2 基于PCR的常用分子标记－RAPD173

19.4 以重复序列为基础的标记－微卫星DNA标记174

19.3 RFLP与PCR结合的分子标记－AFLP174

第20章 分子标记实验操作技术176

20.1 RFLP实验操作技术176

20.2 RAPD实验操作技术176

20.3 AFLP实验操作技术177

20.4 微卫星DNA实验操作技术179

参考文献180

第5篇 DNA－蛋白质相互作用181

第21章 研究DNA－蛋白质相互作用的方法182

21.1 DNA结合蛋白的凝胶阻滞（或迁移率）试验182

第22章 特异性DNA结合蛋白的纯化技术191

22.1 概述191

22.2 亲和层析柱纯化特异性DNA结合蛋白192

22.3 改进的亲和纯化技术196

23.1 基本原理204

第23章 DNA结合蛋白特异结合位点的确定204

23.2 利用表达文库筛选和鉴定编码DNA结合蛋白的cDNA206

参考文献209

第6篇 蛋白质与蛋白质的相互作用211

第24章 噬菌体展示系统214

24.1 概述214

24.2 实验方案217

第25章 酵母双杂交系统221

25.1 概述221

25.2 实验方案228

26.1 概述242

第26章 印迹重叠实验242

26.2 实验方案244

26.3 用抗GST抗体来测定蛋白质－蛋白质结合的实验方案246

第27章 GST融合蛋白下拉技术247

27.1 概述247

27.2 实验方案249

第28章 免疫沉淀方法研究蛋白质的相互作用251

28.1 概述251

28.2 实验方案253

第29章 串联亲和纯化技术255

29.1 概述255

29.2 实验方案257

30.1 实验概述261

第30章 用质谱法研究蛋白质的相互作用261

30.2 实验方案267

第31章 荧光共振能量转移用于蛋白质之间的相互作用269

31.1 概述269

31.2 实验方案272

第32章 表面等离子体共振生物传感器测定蛋白质之间的相互作用280

32.1 概述280

32.2 实验方案284

参考文献286

第7篇 海洋生物功能相关基因的筛选和鉴定294

第33章 mRNA差异显示技术294

33.1 基本原理294

33.2 GenomyxLRS荧光差异显示系统295

33.3 实验方法296

第34章 抑制性差减cDNA(SSH)克隆技术300

34.1 抑制性差异显示技术原理300

34.2 抑制性差减杂交的比较优势302

34.3 SSH的操作步骤303

第35章 蛋白质微阵列（芯片）308

35.1 概述308

35.2 蛋白质微阵列（芯片）的制作309

35.3 蛋白质的标记、在芯片上杂交及杂交信号的检测与分析317

35.4 蛋白质芯片的应用321

第36章 蛋白质组学324

36.1 概述324

36.2 双向电泳326

36.3 质谱330

37.1 基本原理334

第37章 DNA微阵列技术334

37.2 操作流程335

参考文献342

第8篇 海洋微生物基因工程技术347

第38章 海洋微生物样品的采集和保存347

第39章 确定样品中细菌数量和种类的方法349

39.1 样品中细菌的染色计数方法349

39.2 荧光原位杂交技术350

39.3 核糖体小亚基SSU-DNA序列的扩增比较和分析建立系统发育进化树351

第40章 海洋环境样品中特异基因转录和表达的分析356

40.1 从样品中直接提取RNA的不同方法356

41.1 从海洋中筛选几丁质降解菌以及几丁质酶的初步分析358

第41章 海洋微生物的产酶分析358

41.2 其他常见酶类产生菌的筛选方法360

第42章 海洋极端微生物的培养362

42.1 嗜耐冷（低温）微生物的培养362

42.2 从低温环境样品中分离低温微生物363

42.3 嗜高压微生物的培养364

42.4 深海嗜热微生物的培养365

参考文献368

第9篇 藻类基因工程369

第43章 蓝藻基因工程369

43.1 蓝藻DNA的提取370

43.2 蓝藻基因克隆载体的设计和构建371

43.3 克隆载体转化蓝藻377

43.4 提高外源基因在蓝藻细胞中表达量的策略382

44.1 衣藻叶绿体DNA的提取384

第44章 衣藻基因工程384

44.2 衣藻叶绿体转化系统385

44.3 衣藻核遗传转化系统388

44.4 衣藻遗传转化方法390

44.5 筛选衣藻转化子的策略392

第45章 小球藻基因工程394

45.1 构建克隆载体的策略394

45.2 转化方法394

第46章 裸藻基因工程396

46.1 裸藻的转化载体396

46.2 基因枪转化和转化子筛选397

第47章 大型藻基因工程398

47.1 龙须菜遗传转化398

47.2 海带的遗传转化399

第48章 部分藻类常用培养基400

48.1 蓝藻培养基400

48.2 衣藻培养基400

参考文献403

第10篇 生物软件与生物信息数据库405

第49章 分子生物学软件入门405

49.1 OMIGA2.0405

49.2 DNAMAN 5.0414

第50章 生物信息数据库430

50.1 NCBI的Entrez服务430

50.2 BLAST和FASTA433

参考文献434

附录435

索引449