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第1章 分子模拟的数学基础1

1.1 级数1

1.2 积分的概念和方法3

第2章 分子模拟的生物信息学基础13

2.1 序列比对13

2.2 序列分析17

2.3 蛋白质结构预测17

2.4 基因芯片技术24

2.5 各种数据库和网络资源26

参考文献27

第3章 分子模拟的物理和化学基础28

3.1 原子间与分子间作用力28

3.2 分子力场32

3.3 几种常见的分子力场38

3.4 多体问题和有效成对势能39

3.5 溶剂介电质模型42

3.6 量子化学计算的基本原理45

3.7 密度泛函理论51

参考文献54

第4章 分子模拟基本算法57

4.1 统计力学基础57

4.2 Monte Carlo模拟59

4.3 分子模拟65

4.4 从头算分子动力学简介77

4.5 QM／MM简介79

4.6 能量优化算法与过渡态求解84

参考文献86

第5章 蛋白质结构预测90

5.1 同源模建91

5.2 反相折叠方法109

5.3 从头折叠法111

5.4 常用的网站112

5.5 常用软件114

参考文献116

第6章 药物设计的统计方法117

6.1 早期的探索117

6.2 二维定量构效关系117

6.3 三维定量构效关系121

6.4 更高维定量构效关系134

6.5 数据统计分析方法136

参考文献147

第7章 药物设计的信息系统149

7.1 化学信息系统149

7.2 组合化学信息管理系统151

7.3 生物信息数据库和软件153

7.4 数据库搜索技术160

参考文献163

第8章 药物代谢与精准医学165

8.1 细胞色素P450酶简介166

8.2 细胞色素P450酶在生物信息学、功能基因组学及代谢组学中的研究174

8.3 单核苷酸多态性与精准医学177

8.4 人类细胞色素P450酶中单核苷酸多态性的精准预测185

8.5 单核苷酸多态性对细胞色素P450酶活性的影响201

参考文献227

第9章 药物组合与多靶标药物设计230

9.1 化学相似性系综法预测蛋白-配体相互关系230

9.2 基于化学倾向性的蛋白-配体关系预测242

9.3 基于药物作用网络和信号通路的药物对组合研究257

参考文献275

第10章 计算机辅助药物设计应用实例279

10.1 抗SARS的药物设计279

10.2 HIV蛋白酶抑制剂的筛选302

10.3 流感病毒神经氨酸酶抑制剂的研究309

10.4 定量构效关系与噁唑烷酮抗菌药物的设计337

参考文献351

第11章 花椒素的发现及其药理药效355

11.1 阿尔茨海默病与烟碱乙酰胆碱受体355

11.2 花椒素的发现和结构改造360

11.3 花椒素抗老年痴呆的研究374

11.4 花椒素的安全性380

11.5 花椒素对皮肤的抗衰老作用381

11.6 小结386

附录 18个小分子的结构386

参考文献388

索引391

彩图393