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第一章 鱼类基因组及重要性状相关功能基因研究进展概述1

第一节 引言1

第二节 全基因组测序技术发展概述1

第三节 鱼类高密度遗传连锁图谱构建研究进展概述3

第四节 鱼类物理图谱构建研究进展概述4

第五节 鱼类全基因组测序与精细图谱绘制研究进展概述6

第六节 鱼类基因组的特征8

第七节 鱼类基因组进化9

第八节 鱼类重要性状相关功能基因筛选与克隆研究进展概述16

参考文献25

第二章 半滑舌鳎基因组36

第一节 引言36

第二节 半滑舌鳎高密度遗传连锁图谱37

第三节 半滑舌鳎BAC文库与物理图谱42

第四节 半滑舌鳎全基因组测序与精细图谱构建43

第五节 半滑舌鳎功能基因注释与基因家族48

第六节 半滑舌鳎基因组与性染色体进化51

第七节 半滑舌鳎转录组分析56

第八节 半滑舌鳎生殖和生长相关基因的克隆与功能分析60

第九节 半滑舌鳎性逆转的表观遗传学调控机制65

参考文献72

第三章 鲤基因组78

第一节 引言78

第二节 鲤遗传连锁图谱79

第三节 鲤BAC文库构建与物理图谱82

第四节 鲤全基因组组装与注释95

第五节 鲤基因组进化98

第六节 鲤遗传多样性分析100

第七节 鲤SNP分型工具开发102

第八节 重要经济性状、数量性状位点研究104

第九节 鲤性状解析及基因功能研究106

第十节 总结和展望110

参考文献111

第四章 草鱼基因组118

第一节 引言118

第二节 草鱼高密度遗传连锁图谱119

第三节 草鱼BAC文库构建132

第四节 草鱼基因组组装135

第五节 草鱼基因组注释和基因进化142

第六节 草鱼食性转变机制研究153

参考文献158

第五章 大黄鱼基因组164

第一节 引言164

第二节 大黄鱼BAC文库构建与物理图谱165

第三节 大黄鱼全基因组组装与精细图谱167

第四节 大黄鱼基因功能注释与基因家族170

第五节 大黄鱼基因组进化分析171

第六节 大黄鱼免疫性状的基因组特征178

第七节 大黄鱼对环境胁迫的适应性机制研究181

第八节 大黄鱼高密度遗传连锁图谱和染色体图谱191

参考文献196

第六章 菊黄东方鲀基因组198

第一节 引言198

第二节 菊黄东方鲀全基因组测序与组装202

第三节 菊黄东方鲀基因组结构特征206

第四节 菊黄东方鲀功能基因注释与基因家族211

第五节 菊黄东方鲀基因组进化216

参考文献218

第七章 牙鲆基因组222

第一节 引言222

第二节 牙鲆高密度遗传连锁图谱223

第三节 牙鲆BAC文库构建及其应用228

第四节 牙鲆全基因组测序与精细图谱绘制231

第五节 牙鲆基因组结构和功能注释234

第六节 牙鲆基因家族及其进化238

第七节 牙鲆体色不对称的分子机制241

参考文献246

第八章 金线鲃基因组250

第一节 引言250

第二节 金线鲃全基因组测序与组装251

第三节 金线鲃基因组特征与进化256

第四节 金线鲃比较基因组学研究与转录组分析258

第五节 总结与展望262

参考文献263

第九章 ？鱼基因组266

第一节 引言266

第二节 ？鱼全长cDNA文库和转录组文库测序267

第三节 ？鱼全基因组测序与组装270

第四节 ？鱼基因组特征与注释276

第五节 ？鱼系统发生与基因组进化285

第六节 ？鱼免疫系统特征291

第七节 ？鱼对生境的感官适应296

参考文献309

第十章 大菱鲆基因组315

第一节 引言315

第二节 大菱鲆分子标记开发与高密度遗传连锁图谱构建316

第三节 大菱鲆性别相关分子标记的筛选与鉴定318

第四节 大菱鲆cDNA文库构建与功能基因发掘概述320

第五节 大菱鲆BAC文库构建与染色体FISH定位322

第六节 大菱鲆全基因组测序及精细图谱绘制与分析325

参考文献330

第十一章 龙鱼基因组334

第一节 引言334

第二节 金龙鱼高密度遗传连锁图谱构建335

第三节 龙鱼全基因组测序与组装339

第四节 龙鱼基因组特征与进化345

第五节 龙鱼转录组分析348

第六节 金龙鱼性别决定及候选调控基因dmrt3a350

第七节 总结与展望351

参考文献353

第十二章 鱼类性别决定基因各论356

第一节 引言356

第二节 半滑舌鳎雄性决定基因dmrtl357

第三节 罗非鱼雄性决定基因amhy/amhr Ⅱ363

第四节 青鳉雄性决定基因DMY369

第五节 青鳉雄性决定基因gsdf374

第六节 虹鳟雄性决定基因sdy381

第七节 红鳍东方鲀性别决定基因amhr2384

第八节 银汉鱼雄性决定基因amhy388

参考文献391

第十三章 鱼类抗病免疫相关基因各论396

第一节 引言396

第二节 鱼类抗菌肽基因396

第三节 鱼类主要组织相容性复合体（MHC）基因403

第四节 鱼类天然抗性相关巨噬蛋白（Nramp）基因410

第五节 鱼类趋化因子基因414

第六节 鱼类溶菌酶基因424

第七节 鱼类自然杀伤细胞增强因子（NKEF）基因429

第八节 鱼类STAT3和STAT2基因433

第九节 鱼类GRIM 19基因439

第十节 鱼类Akirin基因446

参考文献451

第十四章 鱼类低温适应的分子机制461

第一节 引言461

第二节 极地低温适应鱼类基因组和转录组的特征461

第三节 鱼类低温响应的基因调控网络466

第四节 鱼类抗冻蛋白基因的起源及对其低温适应功能的再认识470

第五节 极端低温环境下鱼类基因丢失与血液发生系统的分子进化471

参考文献473

第十五章 比目鱼类变态的分子基础476

第一节 引言476

第二节 调控牙鲆眼睛移动的分子基础481

第三节 调控牙鲆额骨变形的分子基础490

第四节 调控牙鲆背鳍冠状幼鳍发生的分子基础499

第五节 变态过程中甲状腺激素调控比目鱼类体型变化504

参考文献512

第十六章 淡水养殖鱼类基因组编辑技术的建立与应用518

第一节 引言518

第二节 基因组编辑原理519

第三节 淡水养殖鱼类基因组编辑525

第四节 基因组编辑技术在罗非鱼性别控制中的应用530

第五节 基因组编辑技术在鱼类遗传改良和育种中的应用前景538

参考文献540

第十七章 海水养殖鱼类基因组编辑技术的建立与应用545

第一节 引言545

第二节 海洋模式动物基因组编辑技术研究进展概述546

第三节 海水鲆鲽鱼类胚胎显微注射技术的建立546

第四节 海水鲆鲽鱼类基因组编辑技术的建立与应用549

第五节 基因组编辑技术在海水鱼类遗传改良中的应用展望561

参考文献562

第十八章 鲆鲽鱼类全基因组选择育种技术的建立与应用564

第一节 引言564

第二节 全基因组选择的基本原理566

第三节 鱼类基因组SNP标记遗传效应及基因组育种值的预测方法567

第四节 牙鲆全基因组选择技术的建立及“鲆优2号”良种的创制569

第五节 半滑舌鳎抗病性状的全基因组选择技术的建立580

参考文献587

第十九章 鱼类基因组及其育种技术的发展战略与建议589

第一节 鱼类基因组及其育种技术研究存在的主要问题589

第二节 发展战略与关键技术591

第三节 重点科研计划项目建议592

第四节 展望594

参考文献595

附录1缩略词596

附录2基因/蛋白质名称601